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El origen de la Universidad Nacional de Córdoba se remonta al primer cuarto del siglo XVII, cuando los jesuitas abrieron el Colegio Máximo, donde sus alumnos –en particular, los religiosos de esa orden– recibían clases de filosofía y teología. Este establecimiento de elevada categoría intelectual fue la base de la futura Universidad.

Bajo la tutela de los jesuitas y el impulso del Obispo Juan Fernando de Trejo y Sanabria, en 1613, aunque no estaba autorizado para otorgar grados, se iniciaron los Estudios Superiores en el Colegio Máximo de Córdoba.

El Breve Apostólico del Papa Gregorio XV, fechado el 8 de agosto de 1621, otorgó al Colegio Máximo la facultad de conferir grados, lo que fue ratificado por el monarca Felipe IV, a través de la Real Cédula del 2 de febrero de 1622.

A mediados de abril de ese año, el documento llegó a Córdoba y el Provincial de la Compañía, Pedro de Oñate, con el acuerdo de los catedráticos, declaró inaugurada la Universidad.

Oñate redactó el reglamento del organismo, cuyos títulos tenían validez oficial. Con el nacimiento de la Universidad Nacional de Córdoba, familiarmente llamada Casa de Trejo, comenzó la historia de la educación superior en la República Argentina.

Primeras reformas académicas

Los jesuitas estuvieron a cargo de la Universidad hasta 1767, cuando fueron expulsados por resolución del Rey Carlos III. Así, la dirección de la Casa pasó a manos de los franciscanos. Durante el siglo y medio en que se extendió la administración jesuítica, la Universidad tuvo un perfil exclusivamente teológico-filosófico.

Vinculados a la Universidad estaban los Colegios Mayores, entre los que cabe mencionar el de Monserrat, fundado en 1687 por el Presbítero Doctor Ignacio Duarte y Quirós.

A fines del siglo XVIII, por disposición del Virrey Nicolás Antonio Arredondo, se incorporaron los estudios de leyes. Esto marcó el nacimiento de la Facultad de Derecho y Ciencias Sociales en 1791. Así, la Universidad de Córdoba, tras un siglo y medio de existencia, dejaba de ser exclusivamente teológica. Poco antes de terminar el siglo, la sociedad recibía los primeros graduados en leyes.

Conflictos entre franciscanos y el clero secular en disputa por la dirección de la Universidad, trajeron aparejado el re-bautismo del establecimiento, por Real Cédula del año 1800, que pasó a denominarse Real Universidad de San Carlos y de Nuestra Señora de Monserrat.

Se le otorgan los privilegios y prerrogativas de las universidades mayores existentes en España y América, y alcanzó el doble título de Real y Pontificia. Esta Real Cédula se ejecutó en 1808 con el nombramiento del Deán Dr. Gregorio Funes como Rector y demás autoridades. Desde entonces, el clero secular desplazó a los franciscanos de la conducción universitaria.

El Deán Funes, de espíritu progresista y abierto a los nuevos desarrollos de la ciencia y la técnica, proyectó profundas reformas de los estudios y la introducción de nuevas materias, como aritmética, álgebra y geometría, entre otras.